冬季是食用菌的主要出菇季节，管理不善容易出现问题，应采取措施预防。
菇蕾难以分化。第一，棚温偏低，不适合幼蕾发育分化，可以通过提高棚温解决。第二，药影响。有的菇农使用大量农药拌料，发菌期间也喷洒农药防止病害发生，结果使得菌袋内废气重，甚至抑制菌丝发生。处理方法：将料面破坏后，喷施6%石灰水溶液，每天2次，连喷2~3天，再次现蕾时即可正常管理。如果使用的药浓度较高，需采取石灰水浸泡菌袋的办法予以解决。
幼菇生长速度慢。主要原因是棚温过低，或者所选菌株不适合低温期栽培。处理方法：提高棚温。第一，安装大棚水温空调器，温度可随意调节，即使选用了中高温型菌株，也能正常出菇。第二，安装土暖气，注意烟囱通畅，并保持足量的进风，以免棚内氧气不足。第三，在棚内顶部设黑色塑料薄膜或高密度遮阳网，卷起草苫，棚内进热但不进光，但采用这种方法雨雪天气无法增温。
气生菌丝旺盛。主要原因是碳氮比失调、氮素过多。处理方法：对料面喷洒浓度为5%的石灰水，或者用石灰水浸泡菌袋，分解氮素，使之尽快达到可同化的水平，同时加强通风，使气生菌丝尽快倒伏，纽结现蕾。
不出菇。主要原因除基料营养不均衡和碳氮比例失调以外，还有菌株的温型不符合现阶段温度等原因。此外，基料中含有不明物质，尤其是农药会抑制菌丝发生，导致不出菇。处理方法参考上述使用石灰水进行处理。
子实体基部有“菌毛”。有的是因为通气不良、湿度较高，食用菌长出气生菌丝；有的是感染，前期表现为菌丝状，温度上升后发展为病害，如褐腐病等即为该种表现。处理方法：清理料面后喷洒“百病傻”400倍液，降低湿度，观察1周不再发展即可转为正常管理。
